رهبر انقلاب در ابتدای این دیدار با اشاره به حادثه شهادت مجاهد کبیر سیدحسن نصرالله گفتند: ما این روزها عزاداریم و به‌خصوص بنده جداً عزادار هستم چرا که حادثه فقدان آقای سیدحسن نصرالله ضایعه کوچکی نیست اما با وجود این عزای عمومی در کشور، دیدار با نخبگان را که از قبل برنامه‌ریزی شده بود، به زمان دیگری موکول نکردیم.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای علت برگزار شدن دیدار نخبگان در وقت مقرر را ضرورت توجه دادن به اهمیت مسئله نخبگان خواندند و افزودند: پیام تشکیل این جلسه این است که اگرچه عزاداریم اما عزای ما به معنی ماتم گرفتن و افسرده شدن و گوشه‌نشینی نیست بلکه عزای ما از جنس عزای حضرت سیدالشهداء(ع) است یعنی زنده کننده و پیش برنده و شوق‌آفرین برای کار و پیشرفت است و این پیام باید در دل و جان ما واقعاً نفوذ پیدا کند.
ایشان گفتند: اساس مشکل و عامل ایجاد درگیری‌ها و جنگ‌ها در منطقه، حضور آمریکا و بعضی از کشورهای اروپایی است که به دروغ از صلح و آرامش دم می‌زنند و اگر شرّ آنها از این منطقه کم شود، درگیری‌ها و جنگ‌ها خاتمه می‌یابد و خود کشورها قادر به اداره منطقه و هم‌زیستی با صلح و عافیت هستند.
رهبر انقلاب اسلامی، تحریک صدام برای حمله به ایران و رقم خوردن روزهای تلخ و سخت را نمونه‌ای از جنگ‌افروزی آمریکا و غربی‌ها در منطقه دانستند و افزودند: محبت کنونی بین دو کشور ایران و عراق که اوج تجلی آن در راهپیمایی بزرگ اربعین است، مصداق روشنی است که نشان می‎دهد عامل اصلی مشکلات منطقه، مدعیان دروغین صلح هستند که باید به توفیق الهی و همت بلند ملت ایران و با کمک از الهامات انقلاب اسلامی و همکاری دیگر ملتها، شر آنها از منطقه کم شود.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای سپس درباره موضوع نخبگان با تحسین سخنان سنجیده و امیدوارکننده  هفت تن از نخبگان و همچنین معاون علمی رئیس جمهور در این دیدار، گفتند: خاصیت ذهن جوان، فعال بودن و در نظرگرفتن اهداف بزرگ است که این بدون تردید قابل تحسین است اما این طرح‌ها و برنامه‌ها باید با پیگیری جدی، بصورت پیشنهادهای عملی و قابل تحقق به دستگاههای مربوط منتقل شود.
رهبر انقلاب در ادامه به سه مسئله متناسب با موضوع دیدار یعنی توجه به واقعیت نخبگی در کشور، حفظ و تکثیر نخبگان و وظایف و مسئولیت‌های نخبگان پرداختند